Trophees Prototype
41 trophées pour Prototype 
Soif inépuisable
Assimilez 200 personnages pour régénérer votre santé
Casse automobile
Détruisez 2 000 véhicules
Mort-nés
Détruisez 25 châteaux d'eau infectés avant qu'ils n'éclosent
Plein la tête
Terminez tous les événements Assimilation
Demi-vérités
Accomplissez une mission sans déclencher d'alerte militaire
Riposte
Attrapez un objet lancé par une Hydre... et renvoyez-le-lui
Chasseur d'hélicos
Détruisez 20 hélicoptères en un seul vol d'hélico
Pro du nettoyage
Tuez 15 personnages en un seul coup de fouet
Première piste
Débloquez l'intrigue
Aveuglement
Découvrez ce qui est arrivé à Alex Mercer en dévoilant l'intrigue
C'est lui !
Dénoncez 5 militaires
À la vue de tous
Échappez à 10 groupes d'intervention
Pro de l'infiltration
Infiltrez-vous dans 10 bases militaires sous les traits d'un commandant
Menace aérienne
Détruisez 25 groupes d'intervention
Pro du détournement
Volez 50 véhicules à l'ennemi
Pilote confirmé
Apprenez à piloter tous les types de véhicules terrestres et appareils aériens
Sol-air
Abattez 50 hélicoptères avec un blindé
Évolution en marche
Utilisez le menu Améliorations pour acheter une amélioration
Intrigant
Assimilez 50 cibles d'intrigue
Dos d'âne
Écrasez plus de 500 personnes avec le même char
Traînée de cadavres
Tuez 53 596 infectés
Autochtone
Trouvez tous les sites éparpillés dans New York
L'astucieux
Trouvez toutes les conseils éparpillés dans New York
Le masque
Accomplissez 3 missions sans déclencher d'alerte militaire
Le boucher
Tuez 50 personnages en 5 secondes
Sélection surnaturelle
Achetez toutes les améliorations disponibles
Le nettoyeur
Détruisez 10 bases militaires ou nids infectés dans New York
Expert
Obtenez au moins l'or pour tous les événements
Le gentil
Terminez le jeu en assimilant moins de 10 civils
Vengeance revisitée
Terminez le Mode Histoire en niveau difficile
Intrigue révélée
Trouvez tous les nœuds de l'intrigue
Dur à cuire
Terminez le mode Histoire sans mourir (n'importe quel niveau de difficulté)
Professionnel
Obtenez la médaille de platine pour tous les événements
Trophée de platine
Trophée de platine
